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従業員が給与に加算して支給する通勤手当は、一定の限度額まで所得税が非課税になります。
マイカーで通勤する人の1ヶ月当たりの通勤手当の非課税は、
片道の通勤距離に応じて定められています。
| 片道の通勤距離 | 1ヶ月当たりの限度額 |
| 2km未満 | 全額課税 |
| 2km以上～10km未満 | 4,200円 |
| 10km以上～15km未満 | 7,100円 |
| 15km以上～25km未満 | 12,900円 |
| 25km以上～35km未満 | 18,700円 |
| 35km以上～45km未満 | 24,400円 |
| 45km以上～55km未満 | 28,000円 |
| 55km以上 | 31,600円 |
（参考：国税庁 Ｎｏ．2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当）
※ただし、非課税となるのは所得税だけです。社会保険料や雇用保険料については、通勤手当も保険料の対象給与に該当します。
※電車やバスなどの交通機関を利用されている方は、別途一定の所得税の非課税の限度額があります。
確定申告の時期にちょくちょく質問を受けます。
まず、その先生が個人事業なのか？医療法人の役員なのか？
で月額掛け金の限度額が変わってきます。
掛けるときは、掛け金が全額所得控除で、税金がお安くなります。
ただし、iDeCoは1人1口座で、自分で金融機関等を選択し、運用等も選択しますが、その選択した金融機関や商品によって、手数料が変わってきます。
・ 口座設定（加入）時手数料
・ 運用期間中の口座管理手数料や信託報酬
そして、金融機関を変えたいときの
・ 移管時手数料
iDeCoは給付を受ける際にも、
・ 給付手数料
がかかります。
受け取る方法は、一時金か、年金か、または併用かを選べますが、これらはすべて税金の計算の対象です。
つまり税金がかかります。
その時の、その先生の収入（所得）の具合、小規模企業共済に入っているかとか、退職金積み立ての保険のピークがいつかとか、理事長を退任した後どうするのかとか、年金はどのようなものをいつからもらえるのか。。など。
勘案しながら、iDeCoをしたら、どのくらい得をするのか？
をお答えさせて頂いております。
毎回、悩ましいなと思いながら。。概ねを。。(-_-;)
この慰労金は、医療従事者ご本人に対するものですが、原則として医療機関が医療従事者や職員から委託を受け申請をとりまとめて、代理申請を行い慰労金が医療機関に入金します。そのため入金した金額は、一旦医療機関が預かって医療従事者へ支給します。
慰労金は、所得税法の非課税所得ですので、源泉徴収も必要ありません。給与や賞与とは別に支給する方がよいと思います。
医療機関はあくまでも代理で申請及び受領するので、入金時は収入ではありません。また、支給する時も経費ではありません。
会計処理としては、入金時も支給時も預り金で処理するとよいでしょう。
開業時にも、開業後クリニックオープンして経営が軌道に乗った時期にも、よく質問を受けます。
開業時に借入をされることがほどんどのケースかと思われます。
借入金の利息より、リースの利息の方が高い！
借入れる際の計画にリース料を入れた場合は、「運転資金」として銀行に見られます。
購入時は、迷いなく購入で！
ただし、必要のないものは買わないように！
開業時の借入金は少ないに越したことはありません。
利息は勿体ないので、可能であれば、一括で購入。
あとは、リースの利息＋手数料と、分割の場合の費用を比較して検討。
ただ、リースとは、最終的に所有権がどうなるか？リース期間中の保守がどうなるかも関係してきますので、一概には言えません。
リースの場合のメリットは、
☆ 初期費用が少ない
☆ 毎月の必要な資金がわかる
☆ 毎月の経費が均等
＋ 医療機器等の場合、償却資産税（地方税）が不要
＋ 車両の場合、自動車税・車検が不要
です。
購入の場合のメリットは、
☆ 自分のものになる
☆ 取得とは関係のない事務手数料や利息が不要
＝ 長期保有はリースより割安
☆ 好きな時に売却（買換）できる
☆ 減価償却により経費にできる
（償却方法によるが、早く経費にすることも可能）